Documentation du Dr FRAPPE

Ce wiki regroupe les résultats de mes expériences en informatique accumulés au cours de mes recherches sur le net.

Dans la mesure du possible, j'ai cité mes sources ; il en manque certainement… :-)

Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

Lien vers cette vue comparative

logiciel:internet:openclinica:start [2020/06/12 12:47]
127.0.0.1 modification externe
logiciel:internet:openclinica:start [2020/10/23 21:26] (Version actuelle)
admin
Ligne 7: Ligne 7:
 Voici comment se procurer, installer et configurer OpenClinica et ses dépendances logicielles. Voici comment se procurer, installer et configurer OpenClinica et ses dépendances logicielles.
  
-===== Pré-requis =====+====== Pré-requis ​======
  
   * Avoir installé les paquets **[[apt>​vim unzip tar]]**   * Avoir installé les paquets **[[apt>​vim unzip tar]]**
  
-==== Installez Java JDK (Java Development Kit) ====+===== Installez Java JDK (Java Development Kit) =====
  
 OpenClinica est écrit en Java. OpenClinica est écrit en Java.
Ligne 64: Ligne 64:
 Java est maintenant installé au bon endroit. Java est maintenant installé au bon endroit.
  
-==== Installez Tomcat (Apache Tomcat Servlet Container) ====+===== Installez Tomcat (Apache Tomcat Servlet Container) ​=====
  
 Voir la page [[logiciel:​internet:​serveur:​tomcat]] Voir la page [[logiciel:​internet:​serveur:​tomcat]]
Ligne 82: Ligne 82:
 </​WRAP>​ </​WRAP>​
  
-==== Installez la base de données PostgreSQL et de l'​interface web PhpPgAdmin ====+===== Installez la base de données PostgreSQL et de l'​interface web PhpPgAdmin ​=====
  
 Voir [[logiciel:​sql:​postgresql:​start#​Installation]] Voir [[logiciel:​sql:​postgresql:​start#​Installation]]
Ligne 97: Ligne 97:
 </​WRAP>​ </​WRAP>​
  
-===== Installation (Linux) =====+====== Installation (Linux) ​======
  
 Voir : [[https://​docs.openclinica.com/​3.1/​installation/​installation-linux]] Voir : [[https://​docs.openclinica.com/​3.1/​installation/​installation-linux]]
Ligne 120: Ligne 120:
 cd /​[DISQUE]/​oc/​install</​code>​ cd /​[DISQUE]/​oc/​install</​code>​
  
-==== Installation de OpenClinica ====+===== Installation de OpenClinica ​=====
  
 Téléchargez le logiciel OpenClinica sur le site [[https://​community.openclinica.com/​project/​openclinica]]. Téléchargez le logiciel OpenClinica sur le site [[https://​community.openclinica.com/​project/​openclinica]].
Ligne 131: Ligne 131:
   * <​code>/​[DISQUE]/​oc/​install</​code>​   * <​code>/​[DISQUE]/​oc/​install</​code>​
  
-===== Configuration =====+====== Configuration ​======
  
-==== Configuration de Java ====+===== Configuration de Java =====
  
 Renseigner la variable **JAVA_HOME** : Renseigner la variable **JAVA_HOME** :
Ligne 144: Ligne 144:
 </​code>​ </​code>​
  
-==== Configuration de phpPgAdmin ====+===== Configuration de phpPgAdmin ​=====
  
 Voir [[logiciel:​sql:​postgresql:​start#​Configuration]] Voir [[logiciel:​sql:​postgresql:​start#​Configuration]]
  
-==== Configuration de lighttpd ====+===== Configuration de lighttpd ​=====
  
 Dans le fichier /​etc/​lighttpd/​lighttpd.conf,​ assurez-vous que le module **mod_alias** est dé-commenté (donc activé) Dans le fichier /​etc/​lighttpd/​lighttpd.conf,​ assurez-vous que le module **mod_alias** est dé-commenté (donc activé)
Ligne 160: Ligne 160:
   * <​code>​sudo service lighttpd restart</​code>​   * <​code>​sudo service lighttpd restart</​code>​
  
-=== Connexion à tomcat depuis lighttpd ===+==== Connexion à tomcat depuis lighttpd ​====
  
 Nous allons utiliser mod_proxy pour nous connecter à Tomcat. Nous allons utiliser mod_proxy pour nous connecter à Tomcat.
Ligne 246: Ligne 246:
   * <​code>​sudo /​etc/​init.d/​lighttpd start</​code>​   * <​code>​sudo /​etc/​init.d/​lighttpd start</​code>​
  
-==== Configuration de la base de données pour OpenClinica ====+===== Configuration de la base de données pour OpenClinica ​=====
  
-=== Graphiquement,​ avec phppgadmin ===+==== Graphiquement,​ avec phppgadmin ​====
  
 Ouvrez la page de **phppgadmin** : [[http://​domaine.tld/​phppgadmin/​]] Ouvrez la page de **phppgadmin** : [[http://​domaine.tld/​phppgadmin/​]]
Ligne 294: Ligne 294:
 {{logiciel:​internet:​openclinica:​openclinica-phppgadmin-6.png|}} {{logiciel:​internet:​openclinica:​openclinica-phppgadmin-6.png|}}
  
-=== En ligne de commande ===+==== En ligne de commande ​====
  
 On utilise **psql** sous postgres (n'​oubliez pas les point-virgules en bout de ligne !) : On utilise **psql** sous postgres (n'​oubliez pas les point-virgules en bout de ligne !) :
Ligne 319: Ligne 319:
 </​WRAP>​ </​WRAP>​
  
-==== Déploiement d'​OpenClinica dans Tomcat ====+===== Déploiement d'​OpenClinica dans Tomcat ​=====
  
 Allez dans le répertoire webapps de tomcat et copiez-y le fichier .war d'​Openclinica. Allez dans le répertoire webapps de tomcat et copiez-y le fichier .war d'​Openclinica.
Ligne 327: Ligne 327:
 Tomcat déploie automatiquement le fichier .war d'​OpenClinica en créant un répertoire **webapps/​openclinica** et qui peut être utilisé avec la base de données. Tomcat déploie automatiquement le fichier .war d'​OpenClinica en créant un répertoire **webapps/​openclinica** et qui peut être utilisé avec la base de données.
  
-===== Utilisation =====+====== Utilisation ​======
  
 Lancez l'​application via le [[:​unity#​tableau_de_bord_dash|dash]] (Ubuntu 11.04 et ultérieures) ou via le [[:​terminal]] (toutes versions d'​Ubuntu) avec la [[:​commande_shell|commande]] suivante : Lancez l'​application via le [[:​unity#​tableau_de_bord_dash|dash]] (Ubuntu 11.04 et ultérieures) ou via le [[:​terminal]] (toutes versions d'​Ubuntu) avec la [[:​commande_shell|commande]] suivante :
 <​code>​machin-chose</​code>​ <​code>​machin-chose</​code>​
  
-===== Désinstallation =====+====== Désinstallation ​======
  
 Pour supprimer cette application,​ il suffit de [[tutoriel:​mini-tutoriels:​start#​Suppression de paquets|supprimer son paquet]]. Selon la méthode choisie, la configuration globale de l'​application est conservée ou supprimée. Les journaux du système, et les fichiers de préférence des utilisateurs dans leurs dossiers personnels sont toujours conservés. Pour supprimer cette application,​ il suffit de [[tutoriel:​mini-tutoriels:​start#​Suppression de paquets|supprimer son paquet]]. Selon la méthode choisie, la configuration globale de l'​application est conservée ou supprimée. Les journaux du système, et les fichiers de préférence des utilisateurs dans leurs dossiers personnels sont toujours conservés.
  
-===== Voir aussi =====+====== Voir aussi ======
  
   * **(en)** [[https://​www.openclinica.com/​]]   * **(en)** [[https://​www.openclinica.com/​]]
Ligne 363: Ligne 363:
  
  
-==== - Réglez Tomcat pour démarrer ====+===== - Réglez Tomcat pour démarrer ​=====
  
 Vous pouvez configurer Tomcat pour qu'il démarre automatiquement lorsque vous démarrez votre système. Vous pouvez configurer Tomcat pour qu'il démarre automatiquement lorsque vous démarrez votre système.
Ligne 385: Ligne 385:
   * pour démarrer<​code>/​usr/​local/​tomcat/​bin/​startup.sh</​code>​   * pour démarrer<​code>/​usr/​local/​tomcat/​bin/​startup.sh</​code>​
  
-==== - Configurez OpenClinica pour une performance optimale ====+===== - Configurez OpenClinica pour une performance optimale ​=====
  
 Modifiez init.d/​tomcat et remplacer les JAVA_OPTS avec ce qui suit: Modifiez init.d/​tomcat et remplacer les JAVA_OPTS avec ce qui suit:
Ligne 403: Ligne 403:
 Pour que les paramètres prennent effet, redémarrez le serveur Tomcat. Pour que les paramètres prennent effet, redémarrez le serveur Tomcat.
  
-==== - Configurez l'​application OpenClinica ====+==== - Configurez l'​application OpenClinica ​=====
  
 Si vous avez suivi toutes les instructions précédentes,​ il n'y a qu'une propriété dans le fichier de configuration,​ **datainfo.properties**,​ que vous devrez peut-être changer pour démarrer OpenClinica. Si vous avez suivi toutes les instructions précédentes,​ il n'y a qu'une propriété dans le fichier de configuration,​ **datainfo.properties**,​ que vous devrez peut-être changer pour démarrer OpenClinica.
Ligne 425: Ligne 425:
 Pour plus d'​informations concernant la configuration OpenClinica pour l'​internationalisation et l'​utilisation de caractères UTF-8, voir [[https://​docs.openclinica.com/​3.1/​technical-documents/​openclinica-and-internationalization]] Pour plus d'​informations concernant la configuration OpenClinica pour l'​internationalisation et l'​utilisation de caractères UTF-8, voir [[https://​docs.openclinica.com/​3.1/​technical-documents/​openclinica-and-internationalization]]
  
-==== - Description des datainfo.properties fichier ====+===== - Description des datainfo.properties fichier ​=====
  
 Le fichier **datainfo.properties** ressemble à ce qui suit. Le fichier **datainfo.properties** ressemble à ce qui suit.
Ligne 725: Ligne 725:
 </​code>​ </​code>​
  
-==== - Vérifier l'​accès à OpenClinica ====+===== - Vérifier l'​accès à OpenClinica ​=====
  
 À ce stade, Java, Tomcat, PostgreSQL et OpenClinica sont installés et mis en place. À ce stade, Java, Tomcat, PostgreSQL et OpenClinica sont installés et mis en place.
Ligne 738: Ligne 738:
 Pour vérifier votre configuration,​ essayez d'​accéder à OpenClinica depuis un autre ordinateur en exécutant la même commande à partir de cet ordinateur, mais remplacez localhost par l'IP ou le nom du serveur. Pour vérifier votre configuration,​ essayez d'​accéder à OpenClinica depuis un autre ordinateur en exécutant la même commande à partir de cet ordinateur, mais remplacez localhost par l'IP ou le nom du serveur.
  
-==== - Configurez Tomcat pour utiliser HTTPS ====+===== - Configurez Tomcat pour utiliser HTTPS =====
  
 OpenClinica recommande vivement la sécurisation du serveur Tomcat en utilisant un protocole SSL. pour établir des connexions sécurisées %%https://​%%. SSL nécessite un certificat de sécurité. Informations sur la configuration de certificats SSL pour Tomcat sur ce site : [[http://​tomcat.apache.org/​tomcat-6.0-doc/​ssl-howto.html]] OpenClinica recommande vivement la sécurisation du serveur Tomcat en utilisant un protocole SSL. pour établir des connexions sécurisées %%https://​%%. SSL nécessite un certificat de sécurité. Informations sur la configuration de certificats SSL pour Tomcat sur ce site : [[http://​tomcat.apache.org/​tomcat-6.0-doc/​ssl-howto.html]]
  
-==== - Vérification de l'​installation ====+===== - Vérification de l'​installation ​=====
  
 Connectez-vous à OpenClinica avec le nom d'​utilisateur **root** et le mot de passe **12345678**. Connectez-vous à OpenClinica avec le nom d'​utilisateur **root** et le mot de passe **12345678**.