Documentation du Dr FRAPPE

Ce wiki regroupe les résultats de mes expériences en informatique accumulés au cours de mes recherches sur le net.

Dans la mesure du possible, j'ai cité mes sources ; il en manque certainement… :-)

Open clinica sur Raspberry pi

Installation

Caractéristiques de la machine

  • 768 Mo de RAM minimum (1 Go ou plus recommandé)
  • 4 Go de disque minimum (16 Go recommandés)

Installez le serveur

Installez :

  • le serveur Tomcat
  • le serveur PostgreSQL

Installation des paquetages : *

sudo apt-get update
sudo apt-get dist-upgrade
sudo apt-get install postgresql tomcatv tomcatv-admin pwgen libpg-java openjdk-v-jdk

remplacez v par le numéro de version (s'aider de l'auto-complétion avec Tab ⇆)

Configurez Tomcat

*

<listener><listener-class>php.java.servlet.ContextLoaderListener</listener-class></listener>
<servlet><servlet-name>PhpJavaServlet</servlet-name><servlet-class>php.java.servlet.PhpJavaServlet</servlet-class>
</servlet>
<servlet><servlet-name>PhpCGIServlet</servlet-name><servlet-class>php.java.servlet.fastcgi.FastCGIServlet</servlet-class>
<init-param><param-name>prefer_system_php_exec</param-name><param-value>On</param-value></init-param>
<init-param><param-name>php_include_java</param-name><param-value>Off</param-value></init-param>
</servlet>
<servlet-mapping><servlet-name>PhpJavaServlet</servlet-name><url-pattern>*.phpjavabridge</url-pattern> </servlet-mapping>
<servlet-mapping><servlet-name>PhpCGIServlet</servlet-name><url-pattern>*.php</url-pattern></servlet-mapping>

Installation

Installez java, postgresql (aidez-vous de l’auto-complétion par la touche Tab ⇆ pour les versions) :

  • sudo apt-get update
    sudo apt-get upgrade
    sudo apt-get install openjdk-vx-jdk postgresql phppgadmin -y

Téléchargement

Téléchargez Tomcat sur http://tomcat.apache.org/download-70.cgi

Dans Binary Distributions/Core, choisir le lien tar.gz.

Le placer, par exemple, dans le dossier /home/$USER/Téléchargements.

Pour l'installer sur un Raspberry, le copier via scp vers un répertoire du Rpi :

  • scp ~/Téléchargements/apache-tomcat-[version].tar.gz pi@framboise:/home/pi

Téléchargez le logiciel de OpenClinica sur le site : https://community.openclinica.com/project/openclinica.

Pour télécharger le logiciel, vous devez avoir un compte utilisateur de la communauté de OpenClinica, à créer gratuitement. Vous devrez vous connecter au compte pour télécharger le logiciel de OpenClinica

Dé-compressez le fichier OpenClinica-v.x.y.z.zip téléchargé → un répertoire OpenClinica-v.x.y.z apparaît.

Installez java

Créez le lien symbolique : *

sudo ln -s /usr/lib/jvm/jdk* /usr/local/java

Vous pouvez vérifier par : *

ll /usr/local

Le lien doit apparaître.

Installez Tomcat

Allez dans le répertoire de téléchargement et décompressez l’archive téléchargée :

  • cd /home/$USER/Téléchargements
    sudo tar -zxvf apache-tomcat-v.x.y.tar.gz

Un répertoire apache-tomcat-v.x.y/ apparaît.

Déplacez ce répertoire vers /usr/local/ et créez le lien tomcat :

  • sudo mv apache-tomcat-v.x.y/ /usr/local/
    sudo ln -s /usr/local/apache-tomcat-v.x.y /usr/local/tomcat

Créez l'utilisateur tomcat avec le mot de passe tomcat :

  • sudo adduser tomcat

Et rendez-le propriétaire des répertoires de tomcat :

  • cd /usr/local/tomcat
    sudo chown -R tomcat:tomcat .
    sudo chmod -R 6770 .

Pour pouvoir intervenir sans être root, rendre l'utilisateur $USER membre du groupe tomcat :

  • sudo usermod -aG tomcat $USER

Attention à mettre le -a : sinon, $USER changera de groupe au lieu d'ajouter tomcat

Pour définir le mot de passe de l'utilisateur tomcat, ouvrez le fichier /usr/local/tomcat/conf/tomcat-users.xml en ajoutant ces lignes (entre les balises tomcat-users):

/usr/local/tomcat/conf/tomcat-users.xml
    ...
    <tomcat-users>
      <role rolename="tomcat"/>
      <role rolename="admin-gui"/>
      <role rolename="manager-gui"/>
      <user username="tomcat" password="tomcat" roles="tomcat,admin-gui,manager-gui"/>
    </tomcat-users>
    ...

L'utilisateur est tomcat, son mot de passe est tomcat, ses rôles sont tomcat, admin-gui et manager-gui.

Démarrez le serveur Tomcat:

  • sudo /usr/local/tomcat/bin/startup.sh

Ouvrez dans un navigateur l'adresse

La page de tomcat doit s'afficher :

Pour que tomcat se lance automatiquement à chaque démarrage, recopiez le fichier ~/Téléchargements/OpenClinica-v.x.y.z/install-docs/linux/tomcat :

  • cd /etc/init.d/
    sudo cp ~/Téléchargements/OpenClinica-v.x.y.z/install-docs/linux/tomcat .

Rendez-le exécutable et ajoutez-le à la liste des programmes au démarrage :

  • sudo chmod a+x /etc/init.d/tomcat
    sudo update-rc.d tomcat defaults

Installez postgresql et phppgadmin

Un utilisateur système postgres a été créé à l'installation. Il n'a pas de mot de passe : c'est un utilisateur bloqué et le mieux est qu'il le reste.

utilisateur postgres Au départ, toutes les opérations d'administration se font donc avec l'utilisateur postgres qui seul peut se connecter.

Pour vous connecter en tant qu'utilisateur postgres, utilisez la commande sudo :

  • sudo -i -u postgres

L'invite de commande mentionne que vous êtes actif en tant que postgres :

A la fin de cette session d'administration dans PostgreSQL, il suffira de taper

  • exit

pour reprendre la main en tant qu'utilisateur du système.

On peut aussi lancer une commande (ici psql) en tant que postgres :

  • sudo -u postgres psql

Dès que cette commande se termine, on se retrouve avec l'utilisateur habituel.

Création d'un nouvel utilisateur pour gérer postgresql

Nous allons créer l'utilisateur qui nous permettra de gérer postgresql.

Pour cela, lancez l'outil d'administration de PostgreSQL en tant qu'utilisateur postgres :

  • sudo -u postgres psql

Vous êtes dans une interface en ligne de commande, en tant que root (# en bout de ligne).

Pour créer un environnement plus sûr, créez un rôle pour l'administration, avec toutes les autorisations sauf l'héritage des droits :

  • CREATE ROLE <admin> LOGIN ENCRYPTED PASSWORD '<mot_de_passe>' SUPERUSER NOINHERIT CREATEDB CREATEROLE;
<admin>
nom d'utilisateur
<mot_de_passe>
mot de passe

N'oubliez pas le point-virgule en fin de ligne !

Quittez l'environnement psql :

  • \q

Vérifiez en essayant de vous connecter avec l'utilisateur que vous venez de créer :

  • sudo -i -u postgres

Installation de l'interface web PhpPgAdmin

Installons maintenant l'interface web PhpPgAdmin pour PostgreSQL qui simplifie grandement la mise en place et l'administration.

Ouvrez avec les droits d'administration le fichier /etc/lighttpd/lighttpd.conf et ajoutez la ligne suivante à la fin du fichier :

/etc/lighttpd/lighttpd.conf
...
alias.url += ( "/phppgadmin" => "/usr/share/phppgadmin/")

L'adresse http://monsite.tld/phppgadmin pointe maintenant sur le bon répertoire interne.

Dans le fichier /etc/lighttpd/lighttpd.conf, assurez-vous que le module mod_alias est dé-commenté (donc activé)

et activez les modules mod_fastcgi et mod_cgi :

  • sudo lighty-enable-mod fastcgi cgi

Redémarrez le serveur :

  • sudo service lighttpd restart

Allez à la page de phpPgAdmin : http://monsite.tld/phppgadmin

Cliquez sur PostgreSQL sur le côté gauche.

Dans la fenêtre de connexion, entrez le nom et le mot de passe de l'utilisateur créé plus haut pour gérer postgresql. Cela devrait vous connecter

Pour ajouter un rôle (utilisateur)

Cliquez sur rôles dans la zone du milieu en haut de la page

Cliquez sur Créer Rôle

Créer nom d'utilisateur / mot de passe et donner toutes les autorisations autres que privilèges Inherits.

Ignorer les autres options dans les cases à cocher

Cliquez sur Créer